办公室：主要负责全局行政协调、管理和督查；负责文秘、综合档案、政务信息；负责信息化建设和管理；负责人事管理、工资与福利管理、专业技术职务管理、教育与培训管理、人事档案管理；负责综治、信访、后勤及基建、装备管理等工作。

财务处：主要负责台州海事局财务管理、会计核算、经费报销审核、监督、经济合同管理工作；负责局年度预算的编制、执行和监督；船舶港务费征收管理；政府采购监督管理；固定资产、流动资产和各项资金的核算管理；负责全局工资、奖金和各种津贴的发放工作；负责汇总、编制全局月、季、年度会计报告和财务、稽征、资料收集、整理、分类、立卷、归档工作及财务票证的领、发、缴、存、销、归档等管理工作。负责台州海事局的审计工作。

党群工作部：主要负责台州海事局的党组织建设、党员队伍建设、党员教育和精神文明建设工作；负责新闻宣传、工会、共青团、纪检监察和老干部等管理工作；负责参与对干部的年度考核、任免考核以及参与对领导干部的考廉考绩等工作；负责全局中青年干部选拔考察工作。

督察处：主要负责台州海事局及各海事处的各项海事执法工作实施执法监督，海事业务规范性文件审核管理，执法行为和行政处罚的合法性审查，海事行政救济，执法规范化管理等工作，海事业务综合评价，海事科研项目管理，执法人员资格管理等工作；负责水上交通事故调查处理工作。

监管处：监管处是台州海事局研究辖区海事监管特点，贯彻落实海事法规、政策的专业管理部门，为海事执法事务综合协调部门。负责对分支机构各项海事业务进行专业研究和管理，并对基层海事处业务工作进行指导，具体承担船舶监督管理、通航管理业务、水工工程通航安全审核和评估、船员管理事务、危险品和防污染管理、航运公司安全管理体系审核事务等海事业务的专业管理职能和承办相关口岸管理工作。负责辖区船舶技术状况的统计、分析与评估工作。

指挥中心：主要负责掌握台州辖区海事监管动态信息，具体负责实施辖区水上交通管理和组织、相关航行安全保障工作协调、航行通（警）告管理、水上交通安全动态信息处理、VTS、AIS、VHF和CCTV监控值班、季节性水上安全工作；履行海上搜救中心办公室的职责，承担日常值班和应急反应（包括油类及化学品污染应急反应）的现场指挥和现场支持等任务。

政务中心：政务中心作为台州海事局的直属单位，主要负责台州局层面的各类行政许可和报备事项申请的受理；经授权，负责分支机构层面的行政许可事项审批；对超越政务中心授权审批权限的申请材料的齐备性进行审查，并对受理后审批（审核）事项各环节的全程催办；负责各类行政许可审批结果的送达；提供海事监管业务的宣传和咨询服务等工作。

船舶安检站：主要负责组织开展辖区内船舶安全检查；负责对海事处船舶安全检查业务的指导、考核、监督及安检员队伍的管理工作。

执法支队：主要负责台州局辖区内海区、重点水域、重点工程的水上巡查等现场执法工作；负责海区应急待命和应急反应；负责指导海事处执法大队相关业务工作；全面掌握、汇集、分析海事处巡航执法动态；做好执法支队管辖内巡逻艇的日常维护保养工作。